Roscoff

Molécules de communication et adaptation des microorganismes 

La plupart des organismes vivants hébergent des micro-organismes sans pour autant qu’ils ne développent de maladies. Au contraire certains de ces microorganismes peuvent être bénéfiques pour leur hôte et entretiennent avec eux une véritable communication par le biais de la production de petites molécules. La compréhension de cette communication chimique est un enjeu en écologie mais également une voie prometteuse pour l’identification de composés originaux et présentant des applications en agronomie et en sciences de la vie.

Conférencière

Soizic Prado, Professeur au Muséum national d’Histoire naturelle est chimiste des produits naturels. Ses intérêts portent sur la caractérisation chimique et la compréhension écologique de la médiation chimique impliquée dans les échanges entre microorganismes et avec les hôtes qui les hébergent (plantes, algues, invertébrés marins. Elle se « biosinpire » notamment de ce dialogue moléculaire pour trouver de nouveaux composés d’intérêts agronomique ou thérapeutique.

Les virus marins dans l’intimité de la vie planctonique

Beaucoup plus petits que les autres organismes, les virus sont longtemps passés inaperçus dans l’océan. Cela fait une trentaine d’années que les virus marins sont étudiés et leur importance pour le fonctionnement des océans est aujourd’hui sans équivoque. Chaque litre d’eau de mer contient des milliards de virus. Ces parasites sont susceptibles d’infecter tous les organismes vivants mais, dans le milieu marin, leurs cibles de prédilection sont les organismes planctoniques. Chaque jour, ils infectent et tuent une large fraction des bactéries et microalgues marines. Au-delà de la mortalité qu’ils imposent au plancton, les virus constituent une force directrice majeure dans l’évolution de leurs hôtes. Ils jouent également un rôle crucial dans le fonctionnement des grands cycles de la matière et du climat. Bien qu’ils aient longtemps souffert d’une mauvaise réputation due aux mortalités de masse qu’ils induisent, les virus sont désormais considérés comme de véritables chefs d’orchestre dans les océans.

Anne-Claire Baudoux est chargée de recherche CNRS au laboratoire Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M, CNRS/Sorbonne Université) de la Station Biologique de Roscoff. Ses recherches portent sur l’écologie des virus marins, leurs interactions avec les organismes planctoniques, et leurs implications dans le fonctionnement des océans. Après un parcours d’écologie générale (Université de Rennes 1), elle s’est spécialisée sur l’étude des interactions virus-plancton marin au cours de sa thèse de doctorat (2002 – 2007, Université de Groningen, Pays Bas) et de ses contrats postdoctoraux (2007 – 2009, Scripps Institution of Oceanography, La Jolla, USA ; 2009 – 2011, Institut Universitaire Européen de la Mer, Plouzané, France). Aujourd’hui recrutée à la Station Biologique de Roscoff par le CNRS (Institut national des sciences de l’Univers), ses recherches contribuent à comprendre comment les virus interagissent avec leur environnement et façonnent les cycles biogéochimiques dans l’océan.

Les enseignants vont pouvoir visiter :

1. Aquarium

Construit en 1891, l’aquarium de recherche a été rénové en 2012 en conservant l’esprit historique des lieux. Dans des aquariums de recherche alimentés en eau de mer courante sont stockés de nombreux organismes marins qui ont été récoltés en mer. Les récoltes sont utilisées par les scientifiques de la station pour leurs expérimentations et les enseignements. Un grand nombre d’organismes sont également expédiés dans les laboratoires publics et les universités du monde entier pour des expériences scientifiques, ainsi que dans des lycées. Pour fournir ces organismes aux chercheurs du monde entier et entretenir l’aquarium, la Station dispose d’un Service mer et observation qui compte 14 personnes : ils sont plongeurs, marins ou biologistes. Ils permettent l’accès à la mer pour les scientifiques et sont un support pour les stages d’étudiants de Roscoff. Ils participent aussi à la mission d’observation du littoral et à certains programmes de recherche.

2. Plateforme génomique Genomer et collection de culture de microalgues

La plateforme Genomer propose la réalisation et l’accompagnement des équipes de recherche pour leurs projets de séquençage. Elle développe des applications autour de thématiques environnementales : l’analyse de la diversité infraspécifique (génomique des populations, découverte de SNPs, génotypage haut débit), la génomique et la transcriptomique. Au-delà du séquençage massif, la plateforme est impliquée dans le développement de protocoles liés aux spécificités des modèles marins. Elle met aussi à disposition des équipements performants, conseille et assure la formation des utilisateurs.

Créée en 1998 par des scientifiques de la Station Biologique de Roscoff (CNRS/Sorbonne Université), la Roscoff Culture Collection (RCC) est la plus grande collection de microorganismes marins (microalgues, virus, cyanobactéries) au monde. Elle compte près de 7000 souches échantillonnées dans tous les océans du globe lors d’expéditions scientifiques comme « Tara Océan » par exemple. La RCC s’appuie sur une équipe de scientifiques impliqués dans de nombreux programmes de recherche nationaux et internationaux.

Titulaire d’un BTS Analyses Biologiques et Biotechnologies (ISSAT Redon) et d’une licence professionnelle de Biotechnologie (Université d’Orsay) Gwenn Tanguy a été recrutée à la Station Biologique de Roscoff en 2008. Elle travaille sur la plateforme de Génomique Genomer en tant qu’ingénieure d’études CNRS. Elle réalise et propose l’accompagnement de projets de séquençage haut-débit.

Erwan Legeay a suivi un DUT Génie biologie option Analyses biologiques et biochimiques à l’IUT de Brest, pendant lequel il a pu réaliser son stage de deuxième année à la Station Biologique de Roscoff dans une équipe du laboratoire Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M, anciennement nommée Equipe Evolution du Plancton et Ecosystèmes Pélagiques). Il a ensuite obtenu une licence professionnelle Biologie Analytique et Expérimentale à l’IUT de Tours. Il a débuté par un contrat à l’Ifremer de Brest, avant de rejoindre en 2018 la Station Biologique de Roscoff en intégrant la plateforme de génomique Genomer en tant qu’assistant ingénieur en CDD.

Les enseignants suivent les deux grands ateliers proposés.

1. Outils d’étude pour les virus de plancton marin

Cet atelier propose une présentation générale des virus marins (diversité, impact écologique) et outils d’étude (support vidéo : https://images.cnrs.fr/video/4671 ). Le cycle de vie d’un virus planctonique sera suivi par microscopie optique. Les ressources disponibles pour les enseignants afin d’obtenir et cultiver des virus marins pour leurs activités scolaires (Roscoff Culture Collection) seront également proposées.

Anne-Claire Baudoux est chargée de recherche CNRS à la Station Biologique de Roscoff. Ses recherches portent sur l’écologie des virus marins, leurs interactions avec les organismes planctoniques, et leurs implications dans le fonctionnement des océans. Après un parcours d’écologie générale (Université de Rennes 1), elle s’est spécialisée sur l’étude des interactions virus-plancton marin au cours de sa thèse de doctorat (2002 – 2007, Université de Groningen, Pays Bas) et de ses contrats postdoctoraux (2007 – 2009, Scripps Institution of Oceanography, La Jolla, USA ; 2009 – 2011, Institut Universitaire Européen de la Mer, Plouzané, France). Aujourd’hui recrutée à la Station Biologique de Roscoff par le CNRS (Institut national des sciences de l’Univers), ses recherches contribuent à comprendre comment les virus interagissent avec leur environnement et façonnent les cycles biogéochimiques dans l’océan.

Estelle Bigeard est ingénieure d’études en microbiologie. Pendant 8 années, après ses études en Génie Biologique, elle a développé ses compétences en microbiologie et en biologie moléculaire. En 2008, elle a intégré l’équipe Ecologie du Plancton Marin à Roscoff dans laquelle elle étudie les interactions (symbioses) au sein du plancton marin et plus particulièrement le parasitisme par des parasites eucaryotes et des virus marins en collaboration avec 2 chercheurs de l’équipe. Ses missions s’articulent entre des campagnes d’échantillonnages en mer, la gestion d’une collection de cultures de parasites et des expérimentations en microbiologie et en biologie moléculaire destinées à isoler, caractériser ces parasites et à comprendre ces interactions.

Stéphane Egée, maître de conférences Sorbonne université

Aurélie Chambouvet, chargée de recherche CNRS